Existe alguma forma de fazer o pagamento depois de passar pelo pedágio?

A utilização das praças de pedágio está diretamente vinculada ao pagamento da tarifa e não há modalidade de pagamento posterior.

Ultrapassar a praça de pedágio sem pagar a tarifa, configura infração de trânsito imputando ao infrator o pagamento de multa e a perda dos respectivos pontos na Carteira de Habilitação, conforme determina o Art. 209, do Código de Trânsito Brasileiro.

"Art. 209-A. Evadir-se da cobrança pelo uso de rodovias e vias urbanas para não efetuar o seu pagamento, ou deixar de efetuá-lo na forma estabelecida:
Infração – grave;
Penalidade – multa.”

Caso tenha interesse, poderá consultar se foi gerado multa/evasão, por meio do site da SEINFRA, www.infraestrutura.ba.gov.br ou www.condutoronline.infraestrutura.ba.gov.br/, que é a Secretaria de Infraestrutura do Governo do Estado da Bahia, com atribuições de controlar, fiscalizar e policiar o tráfego nas rodovias estaduais.